O arboreto, uma coleção de árvores para fins específicos, do Jardim Botânico da Fundação de Parques Municipais e Zoobotânica de Belo Horizonte (FPMZB-BH) abrange a área abaixo das estufas e jardins temáticos, integrando a área urbanizada ao brejo e à mata ciliar, parte da área entre a Rua Golfe e a avenida, e a área abaixo da praça onde se localiza o recinto do macaco-prego, totalizando 17.000 m².
Seguindo as diretrizes nacionais e internacionais e a missão da FPMZB, são plantadas no arboreto apenas espécies arbóreas nativas do Brasil, priorizando as raras, ameaçadas e endêmicas, bem como as de importância histórica, etnobotânica, econômica, como peroba, jacarandá, aroeira, guatambú, pau-brasil, pau-marfim.
Uma espécie que é presença obrigatória, e já está plantada, é a Dimorphandra wilsonii, ou faveiro-de-Wilson, espécie endêmica da Região Central de Minas Gerais, que está ameaçada de extinção, existindo poucos indivíduos na natureza.
Para serem plantadas no arboreto, as mudas das espécies selecionadas devem ter boa qualidade e é preciso que tenham o registro da sua procedência na natureza, de forma que estas árvores possam constituir um banco de germoplasma para fins de conservação das espécies.
Além desta função científica, o arboreto tem a importante função de mostrar as espécies arbóreas mais importantes da nossa flora ao visitante, tornando-se uma ferramenta para as atividades de educação ambiental.
A missão do arboreto do Jardim Botânico da FPMZB é “constituir um banco genético de espécies arbóreas brasileiras de relevância, devidamente organizadas, identificadas e preservadas, complementando a área de visitação do Jardim Botânico, servindo à conservação, à pesquisa, à educação ambiental e ao lazer contemplativo”.